فرمت فایل : WORD (قابل ویرایش)
تعداد صفحات:65
پایا‌ن‌نامه کارشناسی ارشد رشته‌ی علوم دامی گرایش اصلاح نژاد دام
فهرست مطالب:
صفحه عنوان
فصل اول- مقدمه
1 1- مقدمه
فصل دوم- کلیات و بررسی منابع
3 2- کلیات
3 2-1- گاو هلشتاین
4 2-2- صفات تولیدی
4 2-2-1- تولید شیر روزانه
5 2-2-2- چربی و پروتئین شیر
5 2-3- چاپرون
6 2-4- کلیات پروتئین شوک حرارتی (HSP)
6 2-5- طبقه‌بندی HSP
7 2-5-1- خانواده پروتئین شوک حرارتی 70 کیلو دالتونی (Hsp70)
7 2-5-2- خانواده پروتئین شوک حرارتی 90 کیلو دالتونی (Hsp90)
9 2-6- فعال شدن Hsp ها در پاسخ به شوک حرارتی
10 2-7- Hsp70 و Hsp90 و سیستم ایمنی
11 2-8- نقش Hsp70 و Hsp90 در فیزیولوژی سلولی
11 2-8-1- نقش در تنظیم شکل فضایی پروتئین‌ها
11 2-8-2- هدف جدید داروی ضد تومور گلدانامایسین (Geldanamyscin)
12 2-8-3- جابجایی گیرنده در سیتوپلاسم
12 2-8-4- انتقال از منافذ هسته
12 2-9- نقش Hsp70 و Hsp90 در تاخوردگی (Folding) پروتئین‌ها
13 2-10- Hsp70 و Hsp90 و تنظیم آپوپتوزیس
15 2-11- Hsp70 و Hsp90 و بیماری‌ها
15 2-11-1- سرطان
15 2-11-2- دیابت
16 2-12- چند شکلی‌های Hsp70 و Hsp90
فصل سوم- مواد و روش‌ها
18 3-1- داده‌ها
19 3-2- نمونه برداری
20 3-3- استخراج DNA
20 3-3-1- بافرها و محلول‌های مورد استفاده در استخراج DNA
21 3-3-2- مراحل استخراج DNA از نمونه‌های خون
22 3-3-3- ذخیره DNA
22 3-3-4- تعیین ویژگی‌های کیفی DNA
22 3-3-4-1- تعیین کمیت وکیفیت DNA به وسیله الکتروفورز ژل آگارز
23 3-3-4-2- تعیین کمیت وکیفیت DNA با استفاده از دستگاه اسپکتروفتومتری
23 3-4- واکنش زنجیره‌ای پلی مراز (PCR)
23 3-4-1- پروتکل و مواد مورد استفاده در PCR
25 3-4-2- چرخه‌های حرارتی PCR
26 3-5- الکتروفورز محصولات PCR روی ژل آگارز
26 3-6- تعیین ژنوتیپ محصولات PCR ژن مورد نظرروی ژل پلی‌اکریل آمید
26 3-6-1- تهیه ژل پلی‌اکریل‌آمید
27 3-6-2- محلول‌های مورد نیاز برای رنگ آمیزی ژل پلی‌اکریل‌آمید
27 3-6-2-1- رنگ آمیزی با نیترات نقره
27 3-6-2-2- مراحل رنگ‌آمیزی نیترات نقره
27 3-6-2-2-1- محلول تثبیت کننده
27 3-6-2-2-2- محلول رنگ‌آمیزی
28 3-6-2-2-3- محلول ظاهر سازی
28 3-6-2-3- مراحل انجام کار
29 3-7- تجزیه و تحلیل داده‌ها
29 3-7-1- برآورد فراوانی‌های ژنوتیپی و آللی
29 3-7-2- تجزیه و تحلیل ارتباط ژنوتیپ با صفات
فصل چهارم- نتایج
30 4-1- کمیت و کیفیت DNA استخراج شده
30 4-2- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژنی مورد مطالعه با تکنیک SSCP
30 4-2-1- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژن HSP70.1
32 4-2-2- شناسایی چند شکلی در جایگاه‌های ژن HSP90AB1
34 4-3- بررسی آماری
34 4-3-1- فراوانی ژنوتیپی و آللی
35 4-3-2- مقایسه فراوانی‌های آللی
36 4-3-3- بررسی ارتباط بین ژنوتیپ و صفات تولیدی
فصل پنجم- بحث و پیشنهادات
37 5-1- ژن Hsp70.1
38 5-2- ژن Hsp90AB1
39 5-3- نتیجه گیری کلی
40 5-4- پیشنهادات
41 منابع
فهرست جداول
صفحه عنوان
4 جدول 2-1- برخی از خصوصیات تولیدی گاو هلشتاین
7 جدول 2-2- HSPهای مهم در سلول پستانداران
18 جدول 3-1- اثر گذاری عوامل ثابت روی تولید روزانه
20 جدول 3-2- مواد تشکیل دهنده بافر جدا کننده
20 جدول 3-3- مواد تشکیل دهنده بافر لیز کننده
22 جدول 4-4- مواد محلول TBE(10X)
24 جدول 3-5- توالی آغازگرهای استفاده شده در این پژوهش
25 جدول 3-6- مواد لازم برای انجام واکنش زنجیره‌ای پلی مراز
25 جدول 3-7- درجه حرارت و زمان بهینه شده در مراحل مختلف واکنش PCR
26 جدول 3-8- مواد لازم برای تهیه ژل پلی‌اکریل‌آمید
27 جدول 3-9- مواد لازم برای تهیه محلول تثبیت کننده
27 جدول 3-10- مواد لازم برای تهیه محلول رنگ‌آمیزی
28 جدول 3-11- مواد لازم برای تهیه محلول ظاهرسازی
34 جدول 4-1- فراوانی آللی و ژنوتیپی در جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1 در دو گروه
35 جدول 4-2- فراوانی آللی و ژنوتیپی جایگاه اگزون 3 و 4 در ژن HSP90AB1 در دو گروه
35 جدول 4-3- مقایسه فراوانی آللی و ژنوتیپی در دو گروه در جایگاه 5`UTR ژن Hsp70.1
35 جدول 4-4- مقایسه فراوانی های آللی و ژنوتیپی در دوگروه درجایگاه اگزون 3-4 ژن HSP90AB1
36 جدول 4-5- ارتباط بین جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1 و صفات تولیدی
36 جدول 4-6- ارتباط بین جایگاه اگزون 3 و 4 ژن HSP90AB1 و صفات تولیدی
فهرست شکل‌ها
صفحه عنوان
1 شکل 1-1- گاوداری صنعتی کشور بر حسب نوع فعالیت
1 شکل 1-2- مقدار تولید شیر طی سال‌های 1368 الی 1391
9 شکل 2-1- ساختمان Hsp70 و Hsp90
13 شکل 2-2- آپپتوزیس
14 شکل 2-3- فرآیند آپپتوزیس با حضور Hsp70
19 شکل 3-1- توزیع عوامل باقی‌مانده صفت تولید روزانه در جمعیت پایه.
30 شکل 4-1- نمونه‌ای از DNA استخراج شده
30 شکل 4-2- محصولات PCR مربوط به جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1
31 شکل 4-3- محصولات PCR مربوط به جایگاه 3`UTR ژن HSP70.1
31 شکل 4-4- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR جایگاه 5`UTR ژن HSP70.1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%.
32 شکل 4-5- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR جایگاه 3`UTR ژنHSP70.1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%
32 شکل 4-6- محصولات PCR مربوط به اگزون 3-4 ژن HSP90AB1
33 شکل 4-7- محصولاتPCR مربوط به اگزون 9-10 ژن HSP90AB1
33 شکل 4-8- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR بین اگزون 3-4 از ژن HSP90AB1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%
34 شکل 4-9- نمونه‌ای از الکتروفورز محصولات PCR بین اگزون 9-10 از ژن HSP90AB1 توسط ژل پلی‌اکریل‌آمید 10%
چکیده
پروتئین‌های شوک حرارتی (HSP) گروهی از پروتئین‌ها هستند که به علت ارتباط مستقیم با صفات مهم اقتصادی از قبیل مقاومت به تنش گرمایی و ورم پستان در پرورش گاو شیری دارای نقش قابل توجهی هستند. در این پژوهش نمونه¬های خون پس از تصحیح رکوردها در مدل آماری مربوطه و با توجه به توزیع عوامل باقی مانده از 200 راس گاو هلشتاین جمع‌آوری و استخراج DNA به روش نمکی بهینه یافته انجام شد. قطعاتی با طول 539، 275، 421 و 351 جفت باز به ترتیب از نواحی 5`UTR و 3`UTR ژن Hsp70.1، اگزون 3 تا 4 و اگزون 9 تا 10 ژن Hsp90AB1 با استفاده از PCR تکثیر شدند. تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها با روش PCR-SSCP انجام شد. در منطقه 5`UTR سه ژنوتیپ AA، BB و AB مشخص شد که فراوانی ژنوتیپی آن‌ها به ترتیب در گروه 1 (با عوامل باقی‌مانده کمتر از میانه) 42، 28 و 30 درصد و در گروه 2 (با عوامل باقی‌مانده بیشتر از میانه) 46، 29 و 25 درصد همچنین در منطقه اگزون 3 تا 4 دو ژنوتیپ CD و CC مشخص شد که فراوانی ژنوتیپی آن‌ها به ترتیب در گروه 1 برابر با 54 و 46 درصد و در گروه 2 برابر با 62 و 38 درصد محاسبه شد. همه نمونه ها در جایگاه 3`UTR ژن Hsp70.1 و اگزون 9 تا 10 ژن Hsp90AB1 یک شکل بوده و هیچ فرم آللی نمونه‌های مورد بررسی مشاهده نشد. مطالعه ارتباطی نشانگر صفت در پژوهش حاضر ارتباط معنی‌دار آماری را بین ژنوتیپ ها و صفات تولید شیر، درصد چربی و درصد پروتئین شیر نشان نداد.
کلمات کلیدی: گاو هلشتاین، چندشکلی، PCR-SSCP، Hsp70.1، Hsp90AB1، صفات تولیدی.