لینک دانلود و خرید پایین توضیحات
فرمت فایل word و قابل ویرایش و پرینت
تعداد صفحات: 13
مطالعه شناسایی Pseudomonas syringae در خاک و گیاه با استفاده از روش تشخیص مستقیم توسط PCR
مصطفی نیک نژاد کاظم پور
گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی دانشگاه گیلان
در این تحقیق شناسایی Pseudomonas syringae بوسیله روش مستقیم PCR روی بافتهای زنده گیاهی، بقایای خشک گیاهی و خاک انجام گرفت. بدین منظور از گیاهان آلوده خاک و بقایای گیاهی آلوده به باکتری که یکسال از جدا کردن گیاهان آلوده به P. syringae می گذشت نمونه برداری انجام شد. نمونه ها در پلاستیک استوماشر محتوی 2 میلی لیتر بافر PBS قرار داده شدند. از نمونه ها عصاره گیری به عمل آمده و سپس DNA سلولهای باکتری خالص سازی شدند. پنج میکرولیتر از DNA خالص شده و 5 میکرولیتر ماده Gen Releser به لوله های اپندورف منتقل شده و عمل PCR به تعداد یک سیکل انجام گردید. بلافاصله DNA باکتری توسط آغازگرهای اختصاصی HrpL1 و HrpL2 مجددا عمل PCR به تعداد 37 سیکل تحت برنامه مخصوص انجام گرفت. DNA سلولهای باکتریهای تکثیر شده روی ژل الکتروفورز منتقل شدند. تمامی نمونه ها تشکیل یک باند DNA با اندازه 600 جفت باز نشان دادند که با شاهد مثبت کاملا مطابقت داشت. جهت تائید نتایج، DNA تکثیر شده با آنزیم برش Bsh 12361 هضم گردیدند و مجددا روی ژل الکتروفورز منتقل شدند. باندهای ایجاد شده روی ژل با باندهای شاهد مثبت کاملا مطابقت داشت. نتایج این تحقیق بوضوح مشخص نمود که سلولهای P.syringae قادرند بیش از یکسال در خاک و بقایای گیاهی دوام داشته و از سالی به سال دیگر منتقل شوند.
Identification of Pseudomonas syringae in soil and plant materials by direct PCR
M. Niknejad Kazempour
Department of Plant Pathology Faculty of Agricultural Sciences, Guilan University
In this research, identification of Pseudomonas syringae on plant tissue, debris and soil by direct PCR method was examined. Soil and plant material contaminated by P.syringae for one year was collected. The samples were placed in stomacher plastics containing 2 ml PBS buffer. Extracts were prepared and the DNA was isolated. 5 μl of purified DNA was added to 5 μl of Gen Relesor in eppendorf tubes and a single cycle was carried. This was followed immediately by a 37 cyle PCR using the HrpL1 and HrpL2 primers. The DNA from PCR was electrophoresed and showed 600 pb fragment identical to the positive control. To verify this results, the amplified DNA was digested by restriction enzyme of Bsh 12361. The banding pattern attained correlated with those obtained for the positive control. The results obtained clearly demonstrate that P.syringae is capable sustaining itself for at least one year in soil and plant material and can be transmitted from one year to the next.
تنوع باکتری های دارای هسته یخ در برخی از محصولات زراعی وباغی استان خراسان
پریسا پورموید و حشمت اله رحیمیان
دانشکده کشاورزی ،دانشگاه مازندران، ساری
سرمازدگی هر ساله خسارت جبران ناپذیری به محصولات زراعی وباغی واردمی کند.برخی از باکتری های بیماریزای گیاهی و اپبفبت ها نقش مهمی در یخ زدگی بافت های گیاهی داشته و عمده خسارت های وارده ناشی از فعالیت این گروه از باکتری ها در دماهای 5- درجه سانتی گرادو بالاتر می باشد.این دسته از باکتری ها که به عنوان باکتری های واجد هسته یخ یا فعال هسته یخ (Ice Nucleation Active,INA) شناسایی شده اند گونه هایی از جنس های Xanthomonas ,Erwinia ,Pseudomonas و Pantoea می باشند.به منظور شناسایی باکتری های واجد هسته یخ(INA+)در برخی از محصولات زراعی وباغی مناطقی از استان خراسان در فصل بهار و پاییز 82 نمونه های برگ و سر شاخه دارای علایم سرمازدگی از باع ها و مزارع مشهد،سبزوار و نیشابور جمع آوری گردید.آب شسته اندام های هوایی روی محیط کشت آگار غذایی حاوی سوکروز مخطط شده و تک کلنی های رشد یافته جدا و خالص گردید .به کمک ویژگی های فیزیولوژیکی وبیوشیمیایی از قبیل واکنش گرم،اکسیداز، کاتالاز، آرجی نین دی هیدرولاز، تولید رنگدانه فلورسانس و توانایی استفاده از برخی منابع کربنی.باکتری های جدا شده شناسایی شدند.عمده جدایه های به دست آمده از درختان میوه وگیاهان زراعی متعلق به جنس Pseudomonas و به ویژه گونه های P.syringae,P.fluorescens وP.viridiflava بودند.اکثر جدایه های هر سه گونه دارای فعالیت فنوتیپی هسته یخ بودند.ولی معدودی نیز این توانایی را نداشتند. جدایه های Pseudomonas syringae و Pseudomonas fluorescens از نظر داشتن ژن هسته یخ(ina) با پرایمرهای طراحی شده در واکنش های زنجیره ای پلی مراز مورد ارزیابی قرار گرفتند. اکثر نمونه های مورد بررسی دارای ژن هسته یخ بودند وقطعه مورد نظر راتکثیر کردند . تعدادی از جدایه ها علی رغم داشتن ژن inaقدرت بیان آنرا نداشتند واز نظر فنوتیپی فعال نبودند.
Ice nucleation active bacteria on some agricultural and horticultural crops in some areas of Khorasan province
P. Pourmoayyed and H.Rahimian
Department of Plant Protection, College of Agricultural Scirnce, University of Mazandaran, Sari, Iran
Losses inflicted by frost and freeze are considerable in several agricultural and horticutural crops. Some plant pathogenic and epiphyt bacteria have a direct role in freezinvg plant tissues at temperatures up to -5ºC and are responsible for most of injuries on field crops.Such bacterial strains referred to as the ice nucleation active(INA+) bacteria, are species of Pseudomonas, Erwinia, Pantoea and Xantomonas. Attemps were made for isolation and identification of INA+bacteria existing on agricultural crops in Neyshabour, Sabzevar and Mashhad. Leaf and shoot samples exhibiting frost damage signs were collected frome the frams and orchards in the spring and autumn 2003. samples were immersed and agitated in steril water and loop fuls of the washates were plated on sucrose nutrient agar. The isolates(orginated from single colonies) were identified in the species, throagh their differential characteristics in test for oxidase, catalase, arginine dihydrolase, potato rot, hypersensetive reaction in geranium, production of levan and fluorescent pigment, nitrate redaction and utilization of some carbon sources for growh. The predominant species were Pseudomonas, specially Pseudomonas fluorescens, P. syringae and P. viridiflava. INA straines were widespread among the three species. All P. syringae and P. fluorescens isolates were also tested for the presence or absence of ice nucleation gene(ina) by PCR, using three specific primer pairs.The most of isolates amplified the fragment representing ina,although some of these isolates couldn't exhibit ina gene.
ایجاد موتان های فاقد هسته یخ (ice-) دراسترین های اپیفیت Pseudomonas syringae و Pseudomonas fluorescens
پریسا پورموید و حشمت اله رحیمیان
دانشکده کشاورزی، دانشگاه مازندران، ساری
باکتری های اپیفیت فعال هسته یخ به دلیل تسریع فرآیند یخ زدگی در دمای 5- درجه سانتیگراد و دماهای بالاتر زیرصفر درجه، یکی از عوامل اصلی سرمازدگی هر ساله محصولات زراعی و باغی در کشور می باشند. به منظور شناسایی باکتری های غالب واجد هسته یخ (INA+) در برخی از محصولات زراعی و باغی مناطقی از استان خراسان در فصل بهار و پاییز 82 نمونه های برگ و سر شاخه دارای علایم سرمازدگی از باغ ها و مزارع مشهد، سبزوار و نیشابورجمع آوری گردید. آب شسته اندام های هوایی روی محیط های کشت آگار غذایی حاوی سوکوز مخطط شده و تک کلنی های رشد یافته جدا و خالص گردید. به کمک ویژگی های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی استاندارد باکتری های جدا شده شناسایی شدند. عمده جدایه های به دست آمده از درختان میوه و گیاهان زراعی متعلق به جنس Pseudomonas و به ویژه گونه های P.syringae ,P.fluorescensوP.viridiflava بودند. نماینده هایی از هر سه گونه دارای فعالیت فنوتیپی هسته یخ بودند. جدایه های فنوتیپی فعال هسته یخ به کمک اتیل متان سولفونات (EMS) و Tn-5 تحت فرآیند موتاسیون زایی قرار گرفته و جدایه های موتان شده فاقد هسته یخ به کمک آزمون قطره‌ای یخ زدگی انتخاب گردیدند. جدایه های مادری وحشی و موتان های حاصله Pseudomonas syringae و Pseudomonas fluorescens به منظور ردیابی ژن هسته یخ (ina) و به کمک پرایمرهای طراحی شده وارد واکنش های زنجیره ای پلی مراز شدند. اکثر نمونه های مادری مورد بررسی دارای ژن هسته یخ بودند و قطعه معادل ice در آنها تکثیر گردید، اگرچه تعدادی از جدایه های فوق توانایی بیان این ژن را نداشته و از نظر فنوتیپی فعال نبودند. جدایه های موتان نیز در واکنش زنجیره ای پلیمراز فاقد ژن هسته یخ بودند و یا تغییرات چشمگیری را در این ژن نسبت به جدایه های مادری نشان داده و با غیر فعال شدن ژن Ice فنوتیپ جهش یافته INA- را نشان دادند.
Production of ice nucleation deficient (ice-) mutants of the epiphytic strains of Pseudomonas syringae and Pseudomomnas fluorescens
P. Pourmoayyed and H. Rahimian
Department of Plant Protection, College of Agricultural Scirnce, University of Mazandaran, Sari, Iran
Ice nucleation active (INA) epiphytic bacteria faciliate formation of ice on and in plant tissues, causing freezing damage on agricultural crops in most, if not all, years, at upper subzero temperature (-5ºC and higher). To identift the predominance INA+ bacteria on crops in Khorasan province, foliago samples were collectedfrom plants exhibiting freezing damage symptoms, in the spring and fall seasons of 2002. Leaf and twig samples were shaken in flasks containing sufficient volume of sterile water and drops of washates were planted onto sucrose nutrient agar (NAS). Morphologically distinct colonies were selected and restreaked on NAS. The isolates were subjected to standard biochemical and physiological tests including geram reaction, catalase, oxidase, arginine dihydratase, amylase, gelatinase and fluorescent pigment production and carbon source utilization. The predominant INA+ suspected isolates recovered were Pseudomonas fluorescens, P. syringae and P. viridiflava The majority of the isolates of the three species were INA+. To obtain ice nucleation inactive (INA-) trains, the isolates were subjected to EMS and TN-5 mutagenesis. Putative mutants were screened for INA- phenotype by the freeze droplet method. All parent and mutant isolates were also tested for the presence/absence of ice nucleation gene (ina)by PCR, The fragment representing ina was amplified and detected in most of the INA+ isolates but was not detected in some mutant (INA-) isolates of all three Pseudomonas species.
تمایز جدایه های جدیدی از Xanthomonas بر اساس پلی مرفیسم آرایش فضائی تک زنجیره و قطعات حاصل از برش ناحیه بین ژنی اسید نوکلئیک ریبوزومی
علی برزگر، فرشته عربی، زهرا نیک روش و حشمت اله رحیمیان
دانشکده علوم زراعی، مجتمع آموزش عالی کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه مازندران، ساری Rahimian.H@gmail.com
رابطه ژنتیکی چند جدایه Xanthomonas عامل بیماری در توسکا ییلاقی (Alnus subcordata)، پسته (Pistachia vera) و پامچال(Primula vulgaris) در ایران که از نظر موقعیت طبقه بندی دز سطح گونه و پاتووار نامشخص هستند بررسی گردید. نقوش الکتروفورزی پروتئینهای سلولی هر سه گروه از جدایه ها متفاوت بوده و شباهت چندانی با نقوش جدایه های نماینده از چند گونه زانتوموناس از جمله X.campestris، X.melonis، X.translucens و چند پاتووار از گونه X.axonopodis (X.axonopodis pvs. citri, malvacearum, phaseoli) نداشته اند ولی شباهت کلی بین نقوش جدایه های بدست آمده از پامچال با جدایه هائی از عامل لکه برگی عشقه (X.hortorum pv hederae) وجود داشت. ناحیه بین ژنی اسیدهای نوکلئیک ریبوزومی s23-s16 (ITS) جدایه ها با واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) تکثیر گردید. قطعه تکثیر شده برای بررسی آرایش فضائی تک زنجیره (SSCP) پس از تک لا نمودن بوسیله حرارت در ژل پلی اکریل آمید% 8 الکتروفورز و ژل با نیترات نقره رنگ آمیزی شد. همه جدایه ها از نظر آرایش فضائی منحصر به فرد و از بقیه متمایز بودند. در بررسی پلی مرفیسم طول قطعات هضم شده با آنزیمهای نوکلئاز محدود الاثر (RFLP)، قطعات ITS تکثیر شده با PCR با چند آنزیم نوکلئاز تیمار شده و محصول در ژل پلی اکریل آمید %12 الکتروفورز و پس از رنگ آمیزی با نیترات نقره مقایسه گردید. قطعات تکثیر شده با PCRفاقد محل برش برای چند آنزیم نوکلئاز از جمله EcoRI و PstI بودند. ولی در هضم محصول با آنزیمهای AluI و Sau3AI پلی مرفیسم قطعات در جدایه های مختلف دیده شد. جدایه های عامل لکه برگی توسکا و پسته از نظر نقوش قطعات حاصل از هضم با هر دو آنزیم مشابه بودند ولی جدایه های بدست آمده از پامچال نقوش مشابهی با دو گروه جدایه دیگر در هضم با AluI نشان داده در حالی که در نقوش حاصل از هضم با Sau3AI از دیگران (منجمله X. hortorum pv. hederae) متمایز بودند. موقعیت طبقه بندی هر سه گروه از جدایه‌ها هنوز نامشخص بوده و روشن شدن آن نیاز به بررسی های بیشتر ملکولی و ژنتیکی دارد.
Single strand conformation polymorphism (SSCP) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis for differentiation of some new strains of Xanthomonas
A. Barzegar, F. Arabi, Z. Nikravesh and H. Rahimian
College of Agronomic Science, Agriculture and Natural Resources Campus, Mazandaran University, Sari
Rahimian.H @gmail.com
The genomic relationship of some strains of Xanthomonas isolated from alder (Alnus subcordata), pistachio (Pistachia vera) and primrose (Primula vulgaris) in Iran and with as yet unknown taxonomic affiliation with the described species and pathovars of the genus was investigated. The electerophoretic profile of cell proteins differed markedly among the strains from different hosts and from the profiles of some named Xanthomonas species and pathovars (pvs) including X. campestris, X.axonopodis pvs. axonopodis, malvacearum, citri and phaseoli, X. melonis and X.translucens. Nevertheless an overall similarity of the protein profile was noted among the strains isolated from primrose and X.hortorum pv. hederae The 16S-23S intergenic spacer (ITS) region of the strains were amplified by PCR and used for single stranded conformation polymorphism (SSCP) on 8% polyacrylamid gel. The SSCP profile of each strain was unique. In PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis the amplified ITS fragment was digested with several restriction endonucleases and the products were electrophoresed on 12% polyacrylamide gel and silver stained. The amplified products remianed undigested with some endonucleases including EcoRI and PstI. However, length polymorphism was observed with AluI and Sau3AI digests. The RFLP pattern of the later two nucleases indicated the affiliation of the strains isolated from alder and pistachio. The RFLP profile of the isolates from primrose was similar to those of isolates from alder and pistachio with AluI but distinctly different from the others with Sau3AI digests. The strains remain unassigned, pending generation of more molecular-genomic data.
تحقیق درباره prokaryotes مطالعه شناسایی Pseudomonas syringae در خاک و گیاه با استفاده از روش تشخیص مستقیم ت
