در این آموزش سعی شده است به روش ساده و گام به گام غشای سلولی را به روش دینامیک مولکولی شبیه سازی کرده و آن را اجرا کنیم. نرم افزار مورد استفاده لمپس (LAMMPS) می باشد. فایلهای مورد نیاز همراه آموزش قرار داده شده اند. طول فیلم ۱۶ دقیقه و حجم آم ۱۴۰ مگابایت و به فرمت mp4 است. آموزش در محیط لینوکس ubuntu می باشد. تاریخ انتشار ۱۴ فروردین ۱۳۹۵
موضوع فارسی :اتیلن گلیکول بازبینی: شبیه سازی دینامیک مولکولی و تجسم از مایع و شبکه پیوند هیدروژنی آن
موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->
Ethylene glycol revisited: Molecular dynamics simulations and visualization of the liquid and its hydrogen-bond network
تعداد صفحه :10
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2014
زبان مقاله : انگلیسی
شبیه سازی دینامیک مولکولی از اتیلن گلیکول مایع شرح داده شده توسط OPLS-AA نیروی میدانی به دست آوردن بینش به ساختار پیوند هیدروژنی آن انجام شد. ما با استفاده از تابع همبستگی مردم به عنوان یک اندازه گیری آماری برای طول عمر پیوند هیدروژنی. در تلاش برای درک پیچیده پیوند هیدروژنی، ما ابزار تجسم مولکولی جدید در پوسته Vish تجسم توسعه و مورد استفاده آن را به تجسم زندگی هر فرد پیوند هیدروژنی. با این ابزار تشکیل پیوند هیدروژنی و شکستن و همچنین تشکیل خوشه و زنجیره ای در مایعات هیدروژن پیوند می خورند تواند به طور مستقیم مشاهده شده است. اتیلن گلیکول مایع در دمای اتاق می کند قابل توجه خوشه نمی تونم یا ساختمان زنجیره ای نشان نمی دهد. هیدروژن-اوراق قرضه اغلب شکستن با توجه به حرکات چرخشی و ارتعاشی مولکول منجر به H-باند زمان نیمه عمر حدود 1.5 PS. با این حال، بسیاری از H-اوراق قرضه دوباره اصلاح به طوری که پس از 50 PS تنها 40 درصد از این H-اوراق قرضه برگشت ناپذیر به علت حرکت نفوذی شکسته. این پیوند هیدروژنی نیمه عمر به علت حرکت نفوذی 80.3 PS است. این کار توسط یک چک دقیق از نیروی زمینه های مبتنی بر OPLS مختلف مورد استفاده در ادبیات قبل بود. مشخص شد که آنها به توزیع کاملا متفاوت و زاویه ای و H-باند منجر شود.
© 2013 نویسندگان. منتشر شده توسط الزویر B.V.
پاورپوینت معماری دینامیک در 67 اسلاید کامل و قابل ویرایش می باشد.
معنی واژه دینامیک