بررسی رفتار دوگانه قابل برگشت در سیم مولکولی برای یک فتوکروم . فایل word

اختصاصی از فایلکو بررسی رفتار دوگانه قابل برگشت در سیم مولکولی برای یک فتوکروم . فایل word دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

بررسی رفتار دوگانه قابل برگشت در سیم مولکولی 4-(6-(4-کلروفنیل)-4-فنیل-1،3-دی­آزا-بیسیکلو]3.1.0[هگز-3-ان-2-ایل)-2-نیتروفنول

چکیده

تکنیک تابع گرین غیر تعادلی، ترکیب شده با تئوری تابع چگالی برای بررسی خواص ترابرد در ترکیب 4-(6-(4-کلروفنیل)-4-فنیل-1و3-دی­آزا-بای_سیکلو]0.1.3[هگز-3-ان-2-ایل)-2-نیتروفنول به­ عنوان سوئیچ مولکولی استفاده شد. این مولکول می تواند با تابش اشعه ماوراء بنفش و یا مرئی به دو فرم مختلف (ایزومر بسته و باز) تبدیل شود. مشخصات I-V، نسبت روشن-خاموش، ضریب ترابرد الکترونی و توزیع فضایی از اوربیتال­های مولکولی برای دو فرم باز و بسته بررسی شد. منشا فیزیکی رفتار سوچینگ بر اساس تفاوت در ساختار ژئومتری، موقعیت و اندزه اوربیتال­های HOMO و LUMO و اختلاف انرژی HOMO–LUMO توضیح داده شد. نتایج تئوری به روشنی آشکار کرد که یک رفتار سوئیچی از روی حالت روشن (مقاومت کم) به حالت خاموش (مقاومت بالا) وجود دارد، وقتی که فرم باز به فرم بسته تغییر می­کند. همچنین ما اثر تغییر جنس الکترودY (Y=Au, Ag, Pt)  بر روی خاصیت ترابرد الکترونی را بررسی کردیم. امیدواریم که نتایج پژوهش حاضر یک نقشه راه جدید برای طراحی ابزار های مولکولی هموار کند.

دانلود مقاله کامل درباره اثر وزن مولکولی و DD کیتین و کیتوسان روی فرآیند ترمیم زخم

اختصاصی از فایلکو دانلود مقاله کامل درباره اثر وزن مولکولی و DD کیتین و کیتوسان روی فرآیند ترمیم زخم دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

لینک پرداخت و دانلود *پایین مطلب*

فرمت فایل: Word (قابل ویرایش و آماده پرینت)

تعداد صفحه :12

بخشی از متن مقاله

خلاصه :

در این مقاله اثر کیتین و کیتوسان روی فرآیند ترمیم زخم ها و برش های خطی در موش ها بررسی شده است . تحکام شکاف زخم در گروههای کیتوسان (cos),D-glucosamine (GL­c­NAc­­)]   N-acetyl –D-glucosamine و Chiti – aligosaccharide (NACOS) و کیتین ) بیشتر بود .

فعالیت آنزیم های کلاژناز هم در گروه های کیتوسان بیشتر از گروههای کتین است .

میزان تغییرات در مورد تجمع و استحکام و فعالیت آنزیم های کلاژ ناز در نمونه های مختلف زیاد نبود.

دریافته های بافت شناسی رشته های کلاژن به صورت عمود بر خط برش در گروه های (NACOS,COS) رشد کردند و در گروههای کیتوسان تعدادی فیبروبلاست فعال شده در اطراف زخم دیده شد.

در DD های بالا استحکام خط برش ترمیم یافته بیشتر است مچنین سمیزان فیبروبلاست های ظاهر شده اطراف زخم .

مقدمه :

کیتین و کیتوسان تعدادی خواص بیولوژیکی مفید در کاربرد هایی نظیر : 1- پوشش زخم ها 2- زیست سازگاری بالا 3-قابلیت زیست ستخریب پذیری 4- عامل انعقاد خون 5- عامل ضد عفونت 6- عامل تسریع در ترمیم زخم در این تحقیق روی اثر کیتین و کیتوسان روی ترمیم زخم کار شده و بهایننتیجه رسیده که این موارد ست های ترمیم و سلول های (PMN) Polymorphonuclear و فیبروبلاست ها و سلول های اندوتلیال رگ ها را فعال می کنند .

وقتی کیتین و کیتوسان در بدن استفاده می شوند توسط آنزیم های کیتیناز و کیتوساناز خریب می شوند و متعاقباٌ به متومر و الیگومر هایشان تبدیلمی شوند .

در تحقیقات گذشته ثابت شده که نه تنها کیتین و کیتوسان بلکه ایگومرها و منومرهای آنها نیز روی مهاجرت سلول های ساندوتلیان و فیبروبلاست ها اثر دارد  و منومرها و الیگومرهای آنهابر روی ترمیم زخم ها در محیط in-vivo  موثرند . هر چند که رابطة بین خواص شیمیایی و کیتین و کیتوسان و ترمیم زخم هستند شناخته نشده است .

در تحقیق حاضر کیتین و کیتوسان با وزن های مولکولی مختلف و DD های مختلف آماده شده اند و اثر آنهاروی ترمیم زخم های برشی ایجاد شده در موشها آزمایش شده .  و همچنین استحکام زخم ترمیم شده و میزان آنزیم کلاژناز در بافت هم اندازه گیری شده که این دو عنوان شاخص برای ترمیم زخم هستند . 

آزمایشات :

در این تحقیق تین و کیتوسان توسط شرکت Sunfive + ژاپن ساخته شه است

کیتین ( باوزن مولکولی 300KD ) و کیتوسان ( با وزن مولکولی 80KD ) ا میانگین سایز 5/3 میکرو متر بوسیله اکسید اتیلن استریل شدند و  در محلول بافر فسفات ( PBS با PH=7/2  ) با غلظت 10 میلی گرم بر میلی  لیتر معلق می شوند .  

کیتین و کیتوسان به ترتیب شامل DD های کمتر از 10 درصد و بیشتر از 80 درصد هستند .  

NACOS و COS به ترتیب از ترکیب [GLcNAcNAc5] و [GLCN1, GLCN6] بدست آمده اند . 

الیگومرها و منومرها در محلول PBS با غلظت 10 میلی گرم بر میلی لیتر حلشدند و از فیلترهای با روزنه های 45/0 میکرو متر عبور کرده و استریل شدند .

هر نموه با غلظت 1/0 تا 10 میلی گرم بر میلی لیتر با PBS تنظیم شد. 

چهار نمونه مختلف deacetylation شده کیتین (dac) ( با 14% و 23% و 63% و 96% )  یک وزن مولکولی یکسان (50KD) بوسیله شرکت Sunfive تهیه شده و بصورت پودری با میانگین سایز 6 تا 8 میکرومتر استرل شده و به همان روش تنظیم کیتین و کیتوسان تنظیم شده است .

پودر ها با DD 100% رابا (DAC100) نشان می دهند . 

وزن مولکولی هم در این تحقیق توسط روش viscosity تعیین شده 

DD هم در این تحقیق سط روش IR و یا روش colloidal titration تعسسن شده .

طرح آزمایش :

از 72 عدد موش مؤنث Wistar ( با وزنی حدود 300+20gr ) در این تحقیق استفاده شده است .

بعد از اینکه موهای پشت موشها کنده شد و آن قسمت با ید ضد عفونی شد 2 زخم برشی ضخامتکامل (با طول 4 سانتی متر ) در حالت  بی هوشی با چاقوش جراحی روی پشت موش ها ایجاد می شود .

 بعد از اینکه حونریزی بند آمد  با 100 میکرولیتر از هر نمونه زخم شتسشو داده می شود و سپس زخم با بخیه هایی از جنس Stainless Steel بخیه می شوند .  هفت روز بعد از جراحی حیوانات انانازی (کشته) می شوند و از بافت پوست در محل زخم نمونه برداری می شود .

در آنالیز استحکام زخم بهبود یافته یک نوار از پوست ( با 1س سانتی متر عرض و 2 سانتی متر طول ) از وسط محل زخم در هر نمونه برداشته می شود .

حداکثر استحکام تا زمانی که پوست از محل برش ه شود  با lood gauge و کشش سنج اندازه گیری  شود .

Data های بدشت  آمده به سطح مؤثر تقسیم  شده ( 5 میلی متر از خط برش در هر نمونه ) و در آخر بر حسب نیوتون بر میلی متر مربع بیان شده (N/mm2) در دیگر نمونه ها ( نمونه های دوم ) میزان آنزیم کلاژ ناز با دستگاه اندازه گیری کلاژ نوع I ازه گرفته شد و مشاهدات بافت اسی ز انجام .  و بالاخره میزان آنزیم کلاژ ناز فعال با واحد  Unit/mg  پروتئین بافت بیان  می شود . 

متن کامل را می توانید بعد از پرداخت آنلاین ، آنی دانلود نمائید، چون فقط تکه هایی از متن به صورت نمونه در این صفحه درج شده است.

دانلود فایل 

دانلود تحقیق کامل درمورد شبیه سازی مولکولی

اختصاصی از فایلکو دانلود تحقیق کامل درمورد شبیه سازی مولکولی دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

لینک پرداخت و دانلود *پایین مطلب*
فرمت فایل:Word (قابل ویرایش و آماده پرینت)
تعداد صفحه: 41

شبیه سازی مولکولی به روش‌هایی گفته می‌شود که با در نظر گرفتن مولکولهای یک سیستم و مدل بر هم کنش آنها و محاسبه موقعیت‌ها و سرعت‌های آن ذرات در هر لحظه از زمان و استفاده از روابط مکانیک آماری خواص ماکروسکوپی سیستم را محاسبه می‌کند. شبیه سازی‌های کامپیوتری نقش ارزشمندی در پاسخ دقیق به مسائل آماری دارند که فقط بوسیله روش‌های تقریبی قابل حل هستند. بدین ترتیب شبیه سازی کامپیوتری روشی برای آزمایش نظریه‌های مختلف مکانیک آماری است علاوه بر این نتایج شبیه سازی‌های کامپیوتری را می‌توان در حد نتایج آزمایشهای واقعی دانست.

روش شبیه سازی ملکولی به عوض تلاشی جهت استنتاج رفتار میکروسکوپی از مشاهدات آزمایشگاهی، دیدگاه سازنده‌ای را دنبال می‌کند که در آن سعی می‌شود با استفاده از سیستم‌های مدل رفتار میکروسکوپی بازسازی شود. بدین ترتیب این گونه روش‌ها می‌توانند به منظور آزمایش مدل‌های ارائه شده مولکولی به کار روند و یا با استفاده از مدل‌های تایید شده برای محاسبه خواص مدل مورد استفاده قرار گیرند. این نقش دوگانه شبیه سازی به صورت پلی میان مدلها و پیش بینی‌های نظری از یک سو و مدل‌ها و نتایج آزمایشگاهی از سوی دیگر است. تفاوت بین شبیه سازی کامپیوتری و سایر محاسبات در نحوه استفاده از کامپیوتر است. در شبیه سازی، کامپیوتر تنها یک محاسبه‌گر نیست  بلکه آزمایشگاهی  مجازی که در آن یک سیستم بررسی می‌شود .

شکل 2- 1- صفحه 5 کتاب آن

به همین دلیل از تکنیک‌های شبیه سازی کامپیوتری به عنوان آزمایشهای کامپیوتری نیز یاد می‌شود. شبیه سازی کامپیوتری ارتباط مستقیمی بین جزئیات میکروسکوپی یک سیستم (جرم  اتم‌ها، بر هم کنش‌های بین آنها، شکل هندسی مولکولها و .....) و خواص ماکروسکوپی قابل اندازه‌گیری (معادله حالت، ضرایب انتقالی، پارامترهای نظم ساختاری و ....) برقرار می‌سازد که این کمیت‌ها علاوه بر اهمیت آکادمیک در صنعت نیز از اهمیت خاصی برخوردار می‌باشند. انجام این آزمایشات تحت شرایط دما و فشار بسیار بالا می‌تواند با دشواری همراه باشد. در صورتی که انجام این گونه آزمایشات بوسیله شبیه ساز کامپیوتری کار بسیار ساده‌تری است. تعیین جزئیات ساختار و حرکت مولکولها به عنوان مثال در واکنش‌های کاتالیستی ناهمگن، انتقال یون سریع یا واکنش‌های آنزیمی بوسیله روش‌های آزمایشگاهی بسیار سخت است در حالی که به سادگی می‌توان این نتایج را از شبیه سازی کامپیوتری استخراج نمود. سرعت زیاد بعضی از رخدادها در واکنش‌ها یا سیستم‌های شیمیایی هر چند که تشخیص آزمایشگاهی آنها را با مشکل روبرو می‌کند. در شبیه سازی مولکول یک نقطه سادگی محسوب می‌گردد. یعنی رخدادهایی با سرعت بیشتر با سهولت بیشتری شبیه سازی می‌گردد. گستره وسیعی از پدیده‌های می‌تواند بوسیله شبیه سازی کامپیوتری مورد مطالعه قرار گیرد.

3- 1- شبیه سازی تعیینی و تصادفی

یک شبیه سازی در مقیاس مولکولی از سه قسمت اصلی تشکیل شده است:

الف) ساختن مدل مولکولی

ب) محاسبه مسیرهای مولکولی

ج) تجزیه و تحلیل این مسیرها برای بدست آوردن مقادیر عددی خواص مورد نظر

وظیفه واقعی شبیه سازی مولکولی قسمت دوم است. بر اساس شیوه محاسبه موقعیت‌های مولکولی rN  در قسمت دوم می‌توان روشهای شبیه سازی را از هم تفکیک نمود. روش‌های شبیه سازی دینامیک مولکولی بر پایه حل معادلات حرکت مولکولی به منظور تولید پیکربندی‌های جدید استوار می‌باشد در نتیجه شبیه سازی‌های دینامیک مولکولی را می‌توان برای بدست آوردن خواص وابسته به زمان مورد استفاده قرار داد. در حالی که روش مونت کارلو بر پایه احتمالات است. بدین صورت که یک پیکربندی آزمایشی بطور تصادفی تولید می‌گردد. سپس این پیکربندی سیستم بوسیله معیارهایی برای مقبولیت یا عدم مقبولیت آن بوسیله محاسبه تغییر انرژی و خواص دیگر در پیکربندی آزمایشی ارزیابی می‌گردد. و سرانجام با مقایسه کل پیکربندی‌های تولید شده و پیکربندی‌های پذیرفته شده یا رد شده و استفاده از میانگین گیرهای مجموعه‌ای خواص مولکولی محاسبه می‌گردد.

در بعضی روش‌های دیگر موقعیت‌ها با استفاده از یک روش ترکیبی بدست می‌آید. به گونه‌ای که مانند روش مونت کارلو تا حدی بصورت تصادفی است و از طرف دیگر مانند MD  دارای خاصیت تعیینی است. روش‌های مختلف را می‌توان بر اساس میزان خاصیت «تعیینی» آنها در تولید موقعیت‌های مولکولی به صورت زیر مرتب کرد.

شکل صفحه 19- پایان نامه دکتر یگانگی

در شبیه سازی دینامیک مولکولی، موقعیتهای مولکولی rN از حل عددی معادلات حرکت بدست می‌آیند. بنابراین موقعیتها از نظر زمانی به همدیگر متصل هستند. در روشهای دیگر شبیه سازی موقعیتهای مولکولی از نظر زمانی به یکدیگر وابسته نیستند. به عنوان مثال در شبیه سازی «مونت کارلو»[1] موقعیتها به صورت تصادفی تولید می‌شوند به طوری که ساختاری مولکولی rN فقط به ساختار قبلی بستگی دارد. وقتی که نتیجه یک واقعه تصادفی در یک رشته فقط به نتیجه واقعه قبلی بستگی داشته باشد به آن رشته یک «زنجیر مارکوف» می‌گویند. در بعضی روشهای دیگر موقعیتها با استفاده از یک روش ترکیبی بدست می‌آید. به گونه‌ای که مانند روش مونت کارلو تا حدی به صورت تصادفی است و از طرف دیگر مانند MD دارای خاصیت تعیینی است. روشهای مختلف را می‌توان بر اساس میزان خاصیت «تعیینی» آنها در تولید موقعیتهای مولکولی به صورت زیر مرتب کرد.                                                                                                                  

2- 3- 1- شبیه سازی مونت کارلو MC

روش تصادفی خالص مونت کارلو به سیستم با تعداد مولکول ثابت ‌N در حجم ثابت V که در دمای ثابت T نگه داشته می‌شود، صورت می‌گیرد. فرآیند شبیه سازی از روش عمومی مونت کارلو برای محاسبه انتگرالهای چند بعدی استخراج شده است. انتگرالها در اینجا متوسطهای مکانیک آماری روی.

در زیر الگوریتم کلی برای روش مونت کارلو و دینامیک مولکولی ارائه گردیده است.

الگوریتم 1-1- قسمتهای اصلی شبیه سازی مونت کارلو

تولید یک پیکربندی اولیه: قسمت اول

تولید یک زنجیره مارکوف برای چرخه‌ها: قسمت دوم

تعداد چرخه‌ها N 1000 ← i: LOOP

یک پیکر بندی جدید تولید کن

احتمال انتقال از حالت اولیه به این پیکربندی  تصادفی را تعیین کن W

یک عدد تصادفی بین 1 تا صفر را انتخاب کن R

If (W> R) then  

حرکت مورد قبول است

Else

حرکت مردود است

End if

End LOOP

الگوریتم 2- 1- قسمتهای اصلی دینامیک مولکولی

تولید یک پیکربندی اولیه: قسمت  اول

شبیه سازی به مدت tMax: قسمت دوم

LOOP

یک پیکربندی جدید توسط حل معادلات حرکت تولید کن

بوسیله میانگین گیری زمانی کمیت‌های مورد نظر را محاسبه کند

(time ≥ t Max) در حالی که

3- 2- مدل شبیه سازی

به منظور شبیه سازی یک سیستم مولکولی ابتدا باید از بر هم کنش بین ذرات آن سیستم و بر هم کنس بین ذرات و محیط اطلاعات صحیح در دسترس باشد. برای بدست آوردن این اطلاعات از یک مدل استفاده می‌شود. این مدل شامل یک انرژی پتانسیل بین مولکولی یا معادل آن تابع نیروی بین مولکولی است. بطور کلی می‌توان انرژی پتانسیل یک سیستم متشکل از N اتم را به صورت مجموع جملاتی متشکل از پتانسیل ذرات انفرادی، جفتی، سه تایی و غیره به صورت رابطه در نظر گرفت.

(1- 4)

که در آن  دلالت بر جمع روی همه جفت ذرات j, I بدون احتساب جملات تکراری دارد. اولین جمله در معادله (1- 4) u1 (ri) اثر یک میدان خارجی بطور مثال دیواره‌های ظرف روی سیستم را نشان می‌دهد. بقیه جملات به بر هم کنش‌های ذرات می‌پردازند. بر اساس این جداسازی بر هم کنش بین مولکول و بر هم کنش سیستم محیط مستقل از هم هستند. جمله دوم u2، پتانسیل جفتی مهم در این جمله است پتانسیل جفتی فقط به اندازه جدایی بین ذرات  rij = | ri – rj | بستگی دارد. بنابراین می‌توان آن را به صورت u2 (ri j) نشان داد. جمله سوم در معادله مربوط به بر هم کنش سه تایی مولکولهاست که در دانسیته‌های مایع اهمیت پیدا می‌کند. جمله 4 ذره‌ای و بالاتر در معادله  در مقایسه با u3, u2 اندازه بسیار کمتری دارند. احتساب جملات سه ذره‌ای و بالاتر موجب طولانی شدن بسیار زیاد شبیه سازی کامپیوتری  می‌گردد. بدین منظور در اکثر شبیه سازی این جملات منظور نشده‌اند و به جای آنها در پتانسیل‌های جفتی موثر استفاده گردیده است.

معیار صحت این پتانسیل باز تولید صحیح نتایج آزمایشگاهی  است.

3-3- مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی

شبیه سازی دینامیک مولکولی دارای دو شکل کلی است. یک روش برای سیستم‌های در حال تعادل و دیگری برای سیستم‌های غیر تعادلی.[2] شبیه سازی دینامیک مولکولی آن گونه که توسط آلدر[3] وینرایت[4] طراحی شد، معمولاً برای یک سیستم منزوی که حاوی تعداد ثابت  در حجم ثابت V است به کار می‌رود. چون سیستم منزوی است انرژی کل آن E ثابت است که E در اینجا انرژی‌های جنبشی و پتانسیل مولکولهاست. بنابراین متغیرهای E, N, V ثابت هستند و حالت ترمودینامیکی را تعیین می‌کنند. روش شبیه سازی دینامیک مولکولی تعادلی در اوایل دهه 1980 [39- 46 (دکتر یگانگی)] ابداع شدند. در این روش پاسخ سیستم به یک میدان مختل کننده اندازه‌گیری می‌شود و سپس این پاسخ به ضرایب انتقالی مرتبط می‌شود. روش NEMD را به نوبه خود می‌توان به دو دسته کوچکتر تقسیم کرد:

الف) شبیه سازی دینامیک مولکولی غیر تعادلی مستقیم[5]: (DNEMD): که در آن شرایط انرژی تناوبی با شرایط فردی دیگری تعویض می‌شود و جریانی از خواص فیزیکی در سیستم بوجود می‌آید. این روش بر اساس مشابهت سازی با روش‌های آزمایشگاهی طراحی می‌گردد وضعیتی همانند وضعیت واقعی بوجود می‌آید.

ب) شبیه سازی دینامیک مولکولی غیر تعادلی سنتزی (SNEMD) [6]: در این روش به منظور ابقا شرایط مرزی تناوبی و همگنی سیستم، میدان اعمالی به صورت اختلال در معادله حرکت ذرات وارد می‌شود و نسبت پاسخ سیستم به قدرت میدان اختلال محاسبه می شود. این روش یک وضعیت ساختگی و غیر فیزیکی ایجاد می‌کند.

وظیفه اصلی شبیه سازی دینامیک مولکولی تولید مسیرهای فضای فاز ذرات با استفاده از معادلات حرکت است.

3- 3- 1- معادلات حرکت و مسیر فضای سیستم

در تفسیر نیوتنی از دینامیک، حرکت انتقالی یک ذره کروی بدون ساختار داخلی  iتوسط نیروی  Fi   صورت می‌گیرد که از طرف عامل خارجی اعمال می‌شود. حرکت و نیروی اعمال شده با قانون دوم نیوتن مرتبط است .

Fi = m    

که m جرم ذره است و فرض می‌شود که مستقل از زمان، مکان و سرعت است. شتاب با عبارت زیر داده می‌شود:

ri مختصات مرکز جرم ذره، i در سیستم  مختصات آزمایشگاه است. قانون دوم نیوتن (معادله    ) برای N مولکول کروی، N3 معادله حرکت شامل معادلات دیفرانسیل مرتبه دوم معمولی ایجاد می‌کند. اگر هیچ نیروی خارجی بر مولکول اثر نکند در این صورت

یعنی مولکولی که از ابتدا ساکن بوده است همچنان ساکن می‌ماند و مولکولی با سرعت ثابت حرکت می‌کرده با همان سرعت به حرکت خود ادامه می‌دهد تا اینکه یک نیروی خارجی به آن اعمال شود. این قانون اول نیوتن است. با استفاده از قانون دوم نیوتن می‌توان قانون سوم نیوتن را بدست آورد. یک سیستم ضروری شامل مولکولهای 1 و 2 را در نظر بگیرید. بنابر تعریف به یک سیستم منزوی هیچ نیروی خارجی اعمال نمی‌شود و برآیند نیروها صفر است، طوری که

Ftot = 0

پس نیروی وارد بر مولکول 1 توسط مولکول 2 با نیروی وارد بر 2 توسط را خنثی می‌شود.

بنابراین F1 = - F2 . این قانون سوم نیوتن است. بر اساس این مفاهیم انرژی جنبشی برابر با کار لازم جهت حرکت مولکول i از حالت سکون به سرعت  تعریف می‌شود:

هدف اصلی MD  تولید کلاسیکی مولکولهاست. در یک سیستم N مولکولی هر مولکول با ذرات دیگر بر هم کنش می‌کند و مختصات آن بر اساس قانون دوم نیوتن تغییر می‌کند. بنابراین موقعیت یک مولکول را می‌توان با یک بردار مختصات وابسته به زمان ri (t) نشان داد. همچنان که یک مولکول مسیر خود را طی می‌کند، اندازه حرکت خطی آن را می‌توان با یک بردار اندازه حرکت خطی وابسته به زمان pi (t) نشان داد.

فرض کنید در یک لحظه مختصات و اندازه‌های حرکت خطی که مولکول را در یک «ابر فضا»[7] رسم کنیم. این فضا شامل دو قسمت است: (1) «فضای پیکر بندی» N3 بعدی که محورهای مختصات آن مولفه‌های بردار موقعیت مولکولها یعنی ri (t) است،  (2) «فضای اندازه حرکت خطی» N3 بعدی دیگر که محورهای آن مولفه‌های اندازه حرکت خطی مولکولها یعنی pi (t) است.

در یک لحظه موقعیت‌ها و اندازه حرکت‌های خطی کل سیستم N6 بعدی را می‌توان با یک نقطه «ابر فضا» نشان داد. همچنان که موقعیت‌ها و اندازه حرکت‌ها نسبت به زمان تغییر می‌کنند، این نقطه نیز جابه‌جا می‌شود و یک مسیر در فضای فاز ایجاد می‌کند. هدف اصلی MD محاسبه «مسیر فضای فاز» است. این مسیر با حل عددی معادله دوم نیوتن یا هم ارز آن معادله حرکت‌ها مینیوتی بدست می‌آید.

2- 4- 2- تعیین خواص سیستم

مسیر فضای فاز داده خامی است که از آن می‌توان بعضی از خواص را محاسبه کرد. N مولکول کروی را در یک سیستم منزوی با حجم V و در تعادل ترمودینامیکی با انرژی کل E در نظر بگیرید. بر اساس نظریه مولکولی ماده خواص ماکروسکوپی از رفتار جمعی مولکولهای منفرد حاصل می‌شود، بنابراین هر خاصیت قابل اندازه‌گیری A را می‌توان بر حسب تابع A (rN, pN) را می‌توان بر حسب تابع A (rN, pN) توصیف کرد که این تابه به مختصات «نقطه فاز»[8] در فضای فاز {rN, pN} بستگی دارد. مقدار اندازه‌گیری شده A که آنرا با Am نمایش می‌دهیم. حاصل اندازه‌گیری در یک لحظه نیست بلکه فرآیند اندازه‌گیری در یک محدوده زمانی انجام می‌گیرد. در حین فرآیند اندازه‌گیری، اتمهای منفرد موقعیتها و اندازه حرکت ‌های خطی زیادی را تجربه می‌کنند و به عبارتی نقطه فاز در فضای فاز روی مسیرش حرکت می‌کند. بنابراین مقدار اندازه‌گیری شده Am متوسط تابع فاز A (rN, pN) در یک محدوده زمانی است. [4].

(2- 13)

برای سیستمهای در حال تعادل این متوسط باید مستقل از زمان آغاز t0 باشد. همچنین فرض می‌کنیم. در حالت تعادل این متوسط روی بازه زمانی، تخمین خوبی برای متوسط که حاصل یک آزمایش در یک محدوده زمانی بی‌نهایت است، باشد.

(2- 14)

< A > = Am

(2- 15)

یک وضعیت که در آن فرضیه (2- 14) به روشنی صادق است، وقتی است که انتگرال A (rN, pN) یک ثابت حرکت باشد. در این مورد خاصیت A در طی مسیر فضای فاز تغییر نمی‌کند. و متوسط گیری (2- 13) با متوسط زمانی (2- 15) برابر است. اگرچه نقطه فاز روی ابر سطح انرژی ثابت حرکت می‌کند ولی کمیتهای فیزیکی ثابت نیستند و مقدار آنها افت و خیز[9] می‌کند. از آنجایی که مولکولها به طور مداوم حرکت  می‌کنند و با همدیگر برخورد می‌نمایند. مختصات و اندازه حرکت اتمها به طور پیوسته در حال تغییر است. بنابراین توابعی که به مختصات و اندازه حرکت اتمها بستگی دارند، افت و خیز می‌کند.

به عنوان مثال، در یک سیستم N مولکول در حجم ثابت V  با انرژی کل ثابت E انرژی جنبشی و انرژی پتانسیل افت و خیز می‌کنند. در حالی که انرژی کل ثابت است. بنابراین افت و خیز آنها باید همدیگر را خنثی  کند.

(2- 16)

ثابت = E = Ek (pN) + U (rN) 

افت و خیز U, Ek در زمانی کمتر از 1 پیکو ثانیه صورت می‌گیرد و معمولا محدوده زمانی یک شبیه سازی ممکن  است به چند درصد و یا چند هزار پیکو ثانیه برسد. در حالت تعادل، افت و خیز حول یک مقدار متوسط انجام می‌گیرد و در مورد انرژی جنبشی این متوسط با دمای سیستم متناسب است.

(2- 17)

که

(2- 18)

N تعداد کل اتمها، K ثابت بولتزمن و T دمای مطلق است. [50].

جهت مرتبط ساخت متوسط انرژی جنبشی با دمای جنبشی، اندازه حرکتهای مولکولی باید بر اساس سرعت ویژه[10] تعریف شده باشند، یعنی بر اساس سرعتها‌ی مولکولی نسبت به چهارچوب مرجع که همراه با مرکز جرم سیستم حرکت می‌کند.

این فقط قسمتی از متن مقاله است . جهت دریافت کل متن مقاله ، لطفا آن را خریداری نمایید

دانلود گزارش کار آزمایشگاه زیست شناسی سلولی- مولکولی

اختصاصی از فایلکو دانلود گزارش کار آزمایشگاه زیست شناسی سلولی- مولکولی دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

آشنایی با میکروسکوپ
برای دیدن سلولهای کوچک از ابزار خاص به نام میکروسکوپ استفاده میشود میکروسکوپ انواع مختلفی دارد که عبارتند از:
انواع میکروسکوپ:
1-    میکروسکوپ کمپوند: برای دیدن اشیاء کوچک در اسلاید استفاده میشود.
2-    میکروسکوپ استریو: اجشام سه بعدی را با این نوع میکروسکوپ مطالعه می کنند.
3-    میکروسکوپ فازکتراست: که برای مشاهده سلولهای زنده ومراحلی تقسیم میتوز کاربرد دارد.
4-    میکروسکوپ تداخلی: می توان ضخامت جسم، تراکمش از مادة خشک و مقدار آب را همزمان با هم وبا اندازه گیری پیوسته اختلاف فاز نوری در دو محیط که ضریب شکست آنها مشخص است اندازه گیری کرد.
5-    میکروسکوپ زمینه تاریک: بررسی هسته- مستکها- میتو کندریها- پلاستها- جنبش ذرات معلولها به حالت کلوشیری- دیدن نمونه های خاص مثل میکروب سفلیس ودیدن ذرات کوچک شفاف مثل شیلو میکدرن ها از موارد کاربرد این نوع میکروسکوپ است.
هدف: 1- آشنایی با میکروسکوپ
2- آشنایی با انواع میکروسکوپ
3- شناختن اجزای مختلف میکروسکوپ وچگونگی کار کردن با آن


میکروسکوپ نوری
در میکروسکوپهای نوری دو نوع تصویر وجود دارد:
1-    یک نوع بین جسم با عدسی شی که در این حالت تصویر حاصل بزرگتر حقیقی ومعکوس است 2- تصویر دوم برای عدسی چشمی وعنوان جسمی خواهد بود ایجاد تصویری با این خصوصیات می نماید، بزرگتر، مستقیم ومجازی.
می دانیم که قدرت جداکنندگی چشم سالم افرادmm 1% بوده در میکروسکوپ نوری mm27% یا ax2700 است وقدرت جداکنندگی میکروسکوپ الکترونی An10 است. حال اگر %1 چشم انسان را 1 فرض کنیم قدرت جداکنندگی میکروسکوپ نوری حدود 500 میکروسکوپ الکترونی حدود 100 هزار خواهد بود.
قسمتهای مختلف یک میکروسکوپ نوری را در شکل می بینید.





سئوالات
1-    بخش های مختلف یک میکروسکوپ را توضیح دهید.
میکروسکوپ در دو بخش مکانیکی وتوری تشکیل شده است که بخش مکانیکی شامل کلیه بخش های نگهدارنده- حرکت دهنده وثابت کننده یک میکروسکوپ می باشد مانندپایه(Base) دسته (Arm) صفحة- پلاتین(Stage) صفحه گردان(Revarer) وپیچ ای تنظیم ( تنه وکنه)- گیره ها(Clips) لوله میکروسکوپ(Tape) می باشد. بخش نوری شامل سه بخش اساسی ( دستگاه روشنایی- عدسی شی و عدسی چشمی) می باشد. بزرگنمایی های سیمها بر روی عدسی چشمی و شی هک شده است. معمولاً بزرگنمایی عدسی چشمی10 وعدسی شی 40-10-40-100 می باشد. بخش دیگر میکروسکوپ صفحه اسلاید می باشد که بر روی آن اسلاید کلیپس قرار دارد: زیر صفحه اسلاید بخشی به نام کندا نسوز تعبیه شده که مجموعه ای از چند عدسی محدب است که سبب تمرکز نور بر روی نمونه میشود. در ژیو کندانساتور صفحه سوراخ داری به تام ریا فراکم قرار گرفته است که توسط یک اهرم دریچه آن باز و بسته میشود که میزان نور را کنترل می کند. بر روی دسته دو پیچ ماکرومتر ومیکرومتر وجود دارد با چرخاندن ماکرومتر جابجایی صفحه اسلاید با چشم کاملاً محسوس است واز بزرگنمایی های 4 و 100 به هیچ وجه نباید از این پیچ استفاده کرد زیرا طول عدسیها بیشتر است و به نمونه خورده می شکند. روی پایه منبع نور قرار دارد هنگام شروع با میکروسکوپ از عدسی شماره 4 شروع کرده تا عدسیهایی با بزرگنمایی بزرگتر.
برای استفاده از عدسی با بزرگنمایی 100 ابتدا نمونه را در بزرگنمایی 4 تنظیم کرده و یک قطره روغن امولسیون برروی نمونه چکانده بزرگنمایی را روی عدسی 100 گذاشته از عدسی ای دیگر عبور نداد. چون روغنی شده پس از اتمام کار عدسی ها و نمونه ها را با محلول کزیلول وکاغذ تمییز میکنیم.

شامل 25 صفحه word

DNA و ساختمان مولکولی آن

اختصاصی از فایلکو DNA و ساختمان مولکولی آن دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

تعریف و بررسی و ساختمان مولکولی آن